Cytoscape

Cytoscape是一个开源的生物网络分析工具，具有强大的可视化功能，可帮助研究人员分析和展示分子相互作用、代谢途径和蛋白质网络等复杂生物网络数据，通过Cytoscape，用户可以将实验数据导入软件中，并利用各种布局算法、样式设置和分析工具来探索网络图结构和功能模式，该软件支持丰富的插件扩展，使得用户能够根据自己的需求定制功能，满足不同研究领域的要求，Cytoscape对于生物信息学、系统生物学和分子生物学领域的专业研究人员来说是一款不可或缺的工具。

使用操作

一、输入文件

支持多种输入格式，可以保存工程文件，支持多种布局的方式，支持导出图像，样式可以做丰富的调整，智能的选择过滤。

1、 edge文件格式：

tsv(制表符分隔的txt是一样的)，csv(逗号分隔的)，xls，xlsx文件等,一般两种tsv文件就足够我们使用了。下面就是一个典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原节点，第三列是目标节点，第二列是两者的相互作用关系，这里的作用关系标示了不同类型，在后面的网络设置中大家可以看到它的妙处，而这里的source与target都是数字，怎样转换为我们想看到的基因名字呢，这里也是先留一个问题，后面解释。

2、 node属性文件

可以导入，可以用来解决我们上面的问题，将edge文件中的数字替换成可视化的简单的基因名字。

二、导入数据

可以点击上面的物种名字选择一个实例来学习，也可以直接选择空的network用来导入数据，例如我选择了Arabidopsis，就出现了如下的界面，图示的是一个已经做好的网络的例子：

用户界面

1、 导入数据

2、 导入属性文件

3、 布局

三、高级功能

1、调整样式

(1)基本样式

(2)节点样式

(3)边样式

2、改节点名称

3、改边的颜色

4、调控网络各项指标统计

得到的结果会出现在一个新的面板当中：

5、改变节点大小

这里需要强调很重要的一点是，在对这里的改变节点大小进行操作之前，如果是想通过节点连接的边的数量进行梯度设定的话，是必须要进行上面第四步的统计分析的，否则没有Degree选项出现：

双击上面梯度设置的区域可以出来控制面板进行修改：

四、选择过滤

1、节点的选择

2、子网络的选择与分离

六、导出图片

数据的导出可以是网络文件，表格文件或者是图片文件，图片文件包括多种图片格式以及pdf格式，对比图标的形态，下图所示的左侧两个是快速导入文件的图标：

生物信息分析软件(Cytoscape) 七、表达分析

Cytoscape还可以导入基因的表达值，将不同的表达值进行颜色的梯度展示，由于我的分析没有这部分数据所以将网络上学到的图片做了几个截图：

八、其它

Cytoscape提供了很多外接的数据库，右键点击相应节点，出现的选项里面选择externallinks，里面有以下所示连接的数据库：

基于大量功能强大的插件的开发，以下的功能也很全面：

GO分析：BiNGO

Pathway分析：CytoKegg、KEGGscape等

模块与复合物分析：jActiveModules+BiNGO

功能分析

1、支持多种分析方式，可以选择分析网络。

2、支持分析节点的子集、批次分析、加载网络统计信息

3、绘制参数、从统计信息生成样式

4、使用可扩展对话框界面显示网络统计信息

5、在节点表中存储节点参数、在边缘表中存储边缘参数

6、明亮的颜色映射标准 ameters、暗色映射标准 ameters、中间颜色映射标准 ameters

7、NetworkAnalyzer、Cytoscape 网络浏览器

8、合并流程、作业状态监视器、命令行对话框、执行命令文件

9、选定的节点、带有选项的选定节点、命令行参数

10、Cytoscape 的快速游览、创建网络、嵌套网络

11、支持的网络文件格式、节点和边列数据

12、风格、应用程序管理器、命令工具、渲染引擎、导出数据

13、Cytoscape 和 OpenCL、Cytoscape.js 和Cytoscape 自动化

更新修订

1.修正了其它bug;

2.优化了软件的兼容性。

突出之处

1、Cytoscape功能不是固定的。它们可以通过应用程序扩展。它们可以以各种方式扩展细Cytoscape。一个应用程序可以从在线数据库导入数据。另一个应用程序可以提供一种分析网络的新方法。你可以在安装了Cytoscape之后安装应用程序。大多数应用程序都是像你这样的Cytoscape用户开发的

2、Cytoscape软件使用可缩放的用户界面来导航和查看网络。ZUIs使用两种导航机制:缩放和平移。缩放根据用户想要看到的内容的多少或多少来增加或减少视图的放大

3、交互网络作为独立的模型是有用的。然而，当与其他信息结合在一起时，它们对于回答科学问题是最有效的。Cytoscape允许用户将任意节点、边缘和网络信息作为节点/边缘/网络数据列添加到Cytoscape中

4、如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道细Cytoscape应用程序被称为插件。从Cytoscape3.0开始，我们称之为应用

用户评述

软件挺不错的，使用范围也挺广泛的